Une espèce protégée est une espèce végétale, animal, fongique, qui bénéficie d’un statut de protection légale pour des raisons d’intérêt scientifique ou de nécessité de préservation du patrimoine biologique. Il s’agit généralement d’espèce menacée. Plus de 750 espèces animales ont disparu, 2 700 sont actuellement en voie d’extinction et 12 500 menacées. L’éventail des solutions dépend de la menace qui pèse sur l’espèce : de l’interdiction à détruire (le hérisson en France) à la réintroduction artificielle (le rhinocéros blanc en Afrique australe), ainsi que la délimitation d’aires protégées. 42% des amphibiens, 13% des oiseaux et 25% des mammifères sont menacés.
La catégorie des espèces menacées est déterminée selon un agencement de plusieurs critères. Un seuil d’effectif de moins de 50 individus en capacité de se reproduire pour les espèces en danger critique, une aire de répartition dont la superficie d’habitat est occupée, et selon le type d’espèce comme les poissons, insectes, oiseaux, mammifères, amphibiens, coraux. Le taux de déclin qui représente une tendance évaluée sur dix ans ou trois générations selon les espèces.
La France par exemple, métropole et tous territoires d’outre-mer confondus, compte 1 143 espèces menacées dont 209 en danger critique. Ses territoires se trouvent dans cinq des 35 points chauds de la biodiversité mondiale, à savoir les zones à la fois les plus riches et les plus menacées.